Bon, j'ai finalement trouvé l'origine de ce petit bruit désagréable.
Le joint dans le coin supérieur des vitres se place mal, n'est pas plaqué correctement, le vent s'engouffre alors dans celui-ci.
J'ai placé une sorte de pâte collante pour le fixer contre la porte et combler l'espace.
Et collé des morceaux de feutre pour combler l'espace entre le joint et la vitre.
Pour l'instant plus aucun bruit sur l'autoroute, reste à voir si ce bricolage va tenir...